SMP Negeri 12 Magelang didirikan pada tahun 1990, bertempat di ibu kota Kecamatan Magelang Selatan yang terletak ± 1 km dari Kantor Pemerintah Kota Magelang ke arah timur menuju terminal bus Soekarno – Hatta, dengan luas tanah ± 10.000 m2 dengan lingkungan yang hijau, rindang, sejuk, dan nyaman sehingga sangat mendukung proses kegiatan belajar mengajar.
Sejak berdiri tahun 1990 sampai sekarang tahun 2012 , SMPN 12 telah mengalami pergantian pimpinan sebanyak 7 kali. Periode pertama awal berdiri sampai tahun 1991 SMPN 12 dipimpin oleh Bapak R.B. Soehari Dwidjoharsono. Saat itu SMPN 12 masih filial dengan SMPN 8. Dengan jumlah siswa hanya 1 kelas dengan siswa berjumlah 40 orang dan guru berjumlah 13 orang. Saat itu SMPN 12 masih menempati SMPN 8 kota Magelang sambil menunggu proses pembangunan gedung baru. Proses pembangunan gedung cukup berat khususnya dalam penyiapan sarana prasarana di SMP Negeri 12 Magelang.
Pada tahun 1992 pimpinan diganti oleh Bapak Gregrorius Parno. Jumlah kelas sudah bertambah menjadi 3 kelas masing-masing terdapat 40 siswa , sehingga jumlah keseluruhan mencapai 120 siswa. Kondisi sarana dan prasarana saat itu masih sangat minim. Bangunan yang ada baru 3 ruang kelas, 1 ruang laboratorium, satu perpustakaan, ruang kepala sekolah dan ruang guru.Kondisi ruang guru juga masih sangat minim,ditambah lagi peralatan ruang lobaratorium belum ada.Bapak Gregrorius Parno memimpin SMP Negeri 12 Magelang selama dua tahun sampai dengan tahun 1994.Tahun 1994 kepemimpinan SMP Negeri 12 Magelang diganti oleh Bapak Soeprapt o,yang kini telah pensiun {(paripurna ).
Pada waktu kepemimpinan beliau sarana prasarana sudah cukup lengkap. Saat itu memiliki 15 ruang kelas dengan jumlah siswa masing-masing kelas 40 siswa. Jumlah guru sudah bertambah ada 35 orang guru negeri dan 4 orang guru wiyata. Saat itu Bapak Soeprapto mulai merintis pembangunan benteng keliling SMPN 12 Magelang, pembangunan masjid dan pembangunan bangku permanen di depan kelas. Belum sempurna pelaksanaan pembangunan Bapak Soeprapto sudah alih tugas ke SMPN 10 Magelang dan digantikan oleh Bapak Hartono pada tahun 1999 sampai tahun 2004.
Saat kepemimpinan Bapak Hartono jumlah kelas masih tetap yaitu 15 kelas. Beliau juga menyempurnakan pelaksanaan pembangunan masjid dan bangku permanen. Selain itu Beliau juga membangun gudang , ruang satpam, ruang aula, tempat parkir siswa, ruang BK dan 2 ruang kelas baru. Media pembelajaran CTL sudah ada walaupun jumlah sangat terbatas. Jumlah guru pun bertambah menjadi 39 orang. Kondisi guru saat itu 45 % sarjana.
Pada saat memimpin bapak Hartono juga melakukan perluasan ruang guru dan pemindahan rumah penjaga malam. Karena kamar mandi siswa masih sangat terbatas dan jumalh tidak sesuai dengan jumlah siswa maka Bapah Hartono juga membangun kamar mandi siswa di sebelah atas. Masa kepemimpinan Bapak Hartono berakhir pada tahun 2004.
Sejak tahun 2005 sampai 16 Juli 2009 kepemimpinan SMPN 12 dipegang oleh Bapak Kunadi, S.Pd. semenjak kepemimpinan beliau banyak perubahan yang terjadi. Mulai dari guru dan karyawan sampai dengan prestasi akademik maupun non akademik. Perubahan yang telah dilakukan antara lain jumlah guru yang sarjana bertambah dari 45 % menjadi 95 %. Guru berprestasi pun bermunculan. Pada tahun 2006 dan tahun 2008 SMPN 12 meraih juara kedua guru prestasi se-kota Magelang. Dari segi prestasi akademik siswa dari tahun ke tahun meningkat. Tahun 2005/2006 jumlah siswa yang tidak lulus sebanyak 30 siswa,tahun 2006/2007 berkurang manjadi 16 siswa, pada tahun 2007/2008 tinggal 10 siswa, dan tahun 2008/2009 tinggal 6 orang siswa. Dan untuk meningkatkan prestasi akademik siswa ulangan harian diadakan bersama, sehingga kurikulum memiliki data ulangan siswa dari mulai kelas VII sampai kelas IX. Sehingga dengan demikian nilai siswa dapat dipantau.
Pada tahun pelajaran 2009/2010 SMP Negeri 12 Magelang di bawah pimpinan Bp. Budi Wargana, S.Pd, M.Pd. mengalami kemajuan yang pesat yaitu lulus Ujian Nasional sebanyak 100% , karena 1 siswa mengulang ujian susulan karena sakit ,namun juga lulus ,sehingga memperoleh peringkat 9 dari sekolah negeri dan swasta se-kota Magelang. Pada tahun 2010/2011 SMP Negeri 12 Magelang lulus 100 % dan mendapat peringkatn 7 se- Kota Magelang .Pada Tahun Pelajaran 2011/2012 SMP Negeri 12 Magelang mendapat peringkat ke – VII se- kota Magelang dengan nilai rata-rata 7,08 pada tahun 2010/2011 menjadi 7,88 pada tahun 2011/2012, dengan perorelahan nilai 10 untuk Matematika ada 6 peserta didik, sedangkan dari prestasi non akademik SMPN 12 Magelang .Pada tahun pelajaran 2012/2013 prestasi SMP N.12 Magelang lulus 100 % dan mendapat peringkat 9 untuk sekolah SMP Negeri dan Swasta se- Kota M.agelang, juga menunjukkan peningkatan kejuaraan dalam berbagai lomba kejuaraan tingkat kotaMagelang sampai propinsi Jawa Tengah . Kejuaraan yang pernah diraih antara lain:
1. Juara 1 Lomba Silat Tingkat Kota Magelang.
2. Juara 2 lomba Poster Tingkat Kota Magelang
3. Juara 2 Lomba Lukis Sejuta Bunga dari Pemda Kota Magelang .
4. Juara 3 Perpustakaan Gemar Membaca SMP 12 Tingkat Kota Magelang
5. Juara 1 dan 3 Lomba Silat Putera Popda Tingkat Kota Magelang
6. Juara 2 Lomba Tari Hari Jadi Kota Magelang Tahun 2014
7. Juara 1 Pencak Silat Kelas G,H dan Tanding tingkat kota Magelang
8. Juara 2 Tae Kwon Do tingkat provinsi Jawa Tengah.
9. Juara 1 dan 2 Lomba Seni Lukis Tingkat Kota Magelang
Selain hal di atas pembenahan fisik SMPN 12 pun disempurnakan,mulai dari renovasi sampai pembuatan bangunan baru. Bangunan yang didirikan antara lain Gazebo,pembuatan taman, pembuatan kolam ,penyempurnaan apotik hidup, tempat parkir halaman depan, peninggian benteng sekolah, renovasi gapura, papan SSN dan pembuatan 2 ruang kelas baru serta penambahan ruang guru atas serta pembenahan taman di sekolah.
Sebagai upaya peningkatan kualitas guru Beliau juga mengadakan pelatihan dan Workshop. Pelatihan yang pernah diadakan meliputi pelatihan komputer,pelatihan pembuatan sistem penilaian sesuai KTSP, model-model pembelajaran ( Pakem dan CTL ),
workshop penulisan PTK dengan mengundang nara sumber dari luar yang berkompetensi.
Workshop Kurikulum 2013 dari LPMP Jateng dan Penilaian sertaPengisian SKP ( Sasaran Kerja Pegawai )oleh Bp.Heriyono,M.Pd. dari Dinas Pendidikan Kota Magelang.Sehingga 75% guru menguasai penggunaan Informasi Teknologi ( IT ) dan Internet serta memahami Kurikulum KTSP dan Kurikulum 2013 dan Aspek penilaian Pengetahuan,Keterampilan dan Sikap dengan aplikasinya.
Pada tahun 2008 SMP Negeri 12 Magelang terpilih menjadi sekolah potensial menuju Sekolah Standar Nasional dan sesuai dengan hasil monitoring dan evaluasi dari Dirjen Pendidikan Sekolah SMPNegeri 12 Magelang menjadi Sekolah Standar Nasional bersama SMP Negeri 5 Magelang, SMP Negeri 9 Magelang dan SMP Negeri 10 Magelang. SMP Negeri 12 Magelang terus membenahi diri dengan menyediakan sarana dan prasarana sekolah yang siap dan memadai dengan alat – alat ICT dengan pemasangan LCD di ruang guru, ruang perpustakaan, ruang lab IPA dan lab bahasa /komputer dan melengkapinya dengan memasang parabola. Untuk memenuhi kebutuhan informasi juga memasang internet hingga menjangkau semua ruangan kelasdengan jaringan WAN dan LAN.
Pada tanggal 16 Juli 2009 ada pelantikan kepala sekolah ditingkat kota Magelang, Bapak Kunadi, SPd dialih tugaskan ke SMP Negeri 7 Magelang dan mulai 1 Agustus 2009 SMP Negeri 12 Magelang dipimpin oleh Bapak Budi Wargana, SPd. – sampai 31 Juli 2012
Beliau semula guru IPA di SMP Negeri 2 Kota Magelang dan lulus seleksi Kepala Sekolah yang dilakukan oleh LPMP Semarang Jawa Tengah. Sejak tahun pelajaran 2011/2012 SMP Negeri 12 Magelang menjadi sekolah SSN Mandiri karena sudah tidak lagi mendapat bantuan dana dari Ditjend. PPTK Jakarta oleh sebab itu , perlu kerja keras membangun sekolah demi meningkatkan akademik maupun non akademik,terbukti kini SMP Negeri 12 Magelang mendapat nilai rata-rata UN 7,88 dan lulus 100% . Sejak 1 Agustus 2012 SMP Negeri 12 Magelang menjadi SSN Mandiri yang dipimpinoleh Bpk.Harjanta,S.Pd. dari guru Bahasa Indonesia di SMP Negeri 9 Magelang. Bapak kepala SMP Negeri 12 Magelang terpilih menjadi kepala Sekolah berdasarkan hasil seleksi tes pemilihan kepala sekolah dari LPMP Jawa Tengah.Beliau juga pelatih Pencak Silat dari kelompok Merpati Putih di Kota Magelang. Mulai 5 Januari 2015 Bp .Harjanta, S.Pd. pindah menjadi kepala ke SMP N.3 Magelang , maka SMPN 12 Magelang dipimpin oleh Bp. Sarija, S.Pd. Guru Bahasa Inggris dari SMP N 5 Magelang.
